Rok I

Na początku wszystko jest nowe – budynek, ludzie, próby oswojenia się z podjętą decyzją. Alumni przez pierwsze dwa lata mieszkają w budynku przy ul. Piłsudskiego 4. Rok pierwszy to trochę mniej zajęć na studiach (od poniedziałku do czwartku), aby można było poświęcić czas na inne zajęcia – warsztaty psychologiczne, wykłady z kultury języka i Katechizmu Kościoła Katolickiego, a także kręgi biblijne i konferencje ojców duchownych. Duży nacisk kładziony jest na poznawanie siebie i rozeznawanie swojego powołania. W wakacje po pierwszym roku oprócz miesięcznej praktyki na swojej rodzinnej parafii alumni pomagają 2 tygodnie jako wolontariusze na oddziałach Szpitala Dziecięcego w Krakowie-Prokocimiu.

Rok II

Na drugim roku otoczenie – budynek przy ul. Piłsudskiego – jest już znane, a klerycy jako starsi koledzy wchodzą w rolę tych, którzy wprowadzają „pierwszaków” w życie seminaryjne. Studia stają się bardziej wymagające – cały rok mija pod znakiem filozofii, oczywiście przy jednoczesnej dbałości o rozwój duchowy. Triduum Paschalne to czas pierwszych zewnętrznych asyst – drugi rok przygotowuje liturgię w Kościele Mariackim, Sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Łagiewnikach i kościele Miłosierdzia Bożego przy ul. Smoleńsk. Praktyki wakacyjne to pierwsze zmagania duszpasterskie – dwa tygodnie pracy z osobami niepełnosprawnymi na wyjazdach lub w ośrodkach stacjonarnych.

Rok III

Październik trzeciego roku jest dla kleryka nowym początkiem – od tego momentu mieszka już w głównym budynku seminarium przy ul. Podzamcze, a na studiach miejsce wykładów z filozofii zajmuje długo wyczekiwana teologia. To też czas podejmowania licznych inicjatyw duszpasterskich. Połowa trzeciego roku to kolejny moment przełomowy, gdy na zakończenie rekolekcji wielkopostnych alumni przyjmują strój duchowny, a następnie zostają włączeni do grona lektorów swoich diecezji. Wakacje po trzecim roku to czas wyjazdów wakacyjnych z młodzieżą podczas rekolekcji Ruchu Światło-Życie, Ruchu Apostolstwa Młodzieży czy kolonii Caritas.

Rok IV

Gdy cała rzeczywistość seminaryjna jest już „oswojona”, przychodzi rok czwarty. Jego punktem przełomowym jest przyjęcie urzędu akolity, który pozwala alumnom rozdawać Komunię Świętą i zanosić Ciało Pańskie chorym. W dalszym ciągu zaangażowani w duszpasterstwa studiują teologię i starają się postąpić jak najdalej w pisaniu swoich prac magisterskich. Zaczynają też zdobywać doświadczenie jako katecheci, ucząc w ciągu roku tydzień w szkole podstawowej, a wrzesień po IV roku spędzają na wyznaczonej parafii, katechizując w gimnazjum. Praktyką wakacyjną jest udział w pieszej pielgrzymce.

Rok V

Jest to ostatni rok, który w całości klerycy spędzają w seminarium. W listopadzie podczas tygodnia katechetycznego uzupełniają swoje doświadczenie o szkołę ponadgimnazjalną. Miesiąc później podczas obrzędu ad missio zostają oficjalnie ogłoszeni przez Kościół jako przygotowujący się do przyjęcia święceń – kolejne miesiące to przede wszystkim czas duchowego przygotowania do święceń diakonatu, które klerycy przyjmują w święto św. Stanisława BM – 8 maja. Jako diakoni zostają skierowani do pracy w swoich diecezjach na cały kolejny rok.

Rok VI

Podczas tego roku diakoni posługują na parafiach, ucząc w szkole podstawowej lub gimnazjum i podejmując obowiązki duszpasterskie. Każdego tygodnia spędzają też 2 dni w Krakowie, aby skończyć studia, obronić na wiosnę pracę magisterską i uzyskać tytuł magistra teologii, wymaganego do zostania księdzem. Tygodniowe rekolekcje w maju przygotowują ich do przyjęcia święceń prezbiteratu, które mają miejsce w ostatnią sobotę maja.