• 23 maja 1601 na synodzie diecezjalnym wydano dekret o założeniu seminarium.
kard. Bernard Maciejowski
  • 20 grudnia 1602 kardynał Bernard Maciejowski podjął decyzję o erygowaniu seminarium.
  • W lipcu 1603 pierwsi alumni zamieszkali w seminarium usytuowanym na Wawelu zwanym od swego położenia zamkowym (in arce).
  • 14 maja 1682 dekretem Kapituły Katedralnej seminarium zamkowe zostaje oddane pod zarząd Księży Misjonarzy pozostając jednak seminarium diecezjalnym.
  • W czasie swych rządów w diecezji (1720 – 1732) bp Konstanty Felicjan Szaniawski przebudował budynek seminaryjny znacznie go powiększając.
  • 28 maja 1732 bp Szaniawski powołał drugie seminarium w Krakowie – u Księży Misjonarzy na Stradomiu. Było to seminarium zarówno internum (dla kandydatów do zgromadzenia), jak i externum (dla alumnów przygotowujących się do pracy w diecezji).
  • 10 marca 1758 powstało trzecie seminarium w Krakowie. Było one związane z Uniwersytetem, przez co nosiło nazwę akademickie. Ulokowane zostało w domu na ul. Gołębiej.
  • 18 grudnia 1801 władze austriackie zamknęły seminaria akademickie i zamkowe.
  • 23 grudnia 1801 decyzją rządu wiedeńskiego wcielono seminaria akademickie i zamkowe do seminarium Księży Misjonarzy na Stradomiu.
  • 28 września 1901 powstało nowe seminarium diecezjalne przy ul. Podzamcze. Powołał go oraz zatroszczył się o wzniesienie odpowiedniego budynku biskup krakowski kardynał Jan Puzyna (1895 – 1911). Zarząd nowego seminarium stanowili księża diecezjalni.
  • W latach 1914 – 1921 budynek seminarium pozostawał w obcych rękach. Mieścił się tu szpital wojskowy (do 1918), potem sztab wojsk gen. Hallera (do 1920), wreszcie siedziba amerykańskiego Czerwonego Krzyża. Alumni mieszkali w tym czasie w pałacu biskupim oraz w domach przy ul. Kanoniczej 23 i 25.
kard. Edward Sapieha
  • W latach 1926 – 1928 rozbudowa gmachu seminarium podjęta z inicjatywy arcybiskupa Adama Stefana Sapiehy (1911 – 1951).
  • 8 listopada 1939 budynek seminarium został zajęty przez Niemców (SS-Burgwache). W okresie wojny seminarium krakowskie nie zaprzestało działalności do jesieni 1941 funkcjonowało oficjalnie mieszcząc się w Domu Katolickim (obecnie Filharmonia Krakowska).
  • Od jesieni 1941 roku abp Sapieha zorganizował tajne seminarium – klerycy mieszkali przy parafiach, spotykali się na tajnych wykładach w pałacu biskupim.
  • We wrześniu 1944 roku decyzją Ks. Arcybiskupa wszyscy alumni zamieszkali w domu biskupów krakowskich.
Karol Wojtyła
  • Od Wielkanocy 1945 rozpoczęto normalne zajęcia na Wydziale Teologii Uniwersytetu Jagiellońskiego.
  • 20 października 1945 roku seminarium wróciło do swojego domu przy ul. Podzamcze.
  • 11 sierpnia 1954 uchwałą Rady Ministrów usunięto Wydział Teologiczny z Uniwersytetu. Działalność Wydziału kontynuowano w Seminarium Krakowskim.
  • Od roku 1974 uzyskał tytuł Papieskiego Wydziału Teologicznego.
  • W roku 1981 przekształcony w trójwydziałową Papieską Akademię Teologiczną, której studentami są alumni Krakowskiego Seminarium.
  • W roku 1954 diecezja oddała na użytkowanie seminarium budynek przy ul. Piłsudskiego 4 (wówczas Manifestu Lipcowego 4).
  • Lata 70. i 80. XX wieku to czas wielu remontów i rozbudowy obydwu domów seminarium. Konieczność tych prac była związana ze wzrostem liczby kleryków kształcących się w seminarium. Prace te były wykonane z inicjatywy metropolitów kardynała Karola Wojtyły i kardynała Franciszka Macharskiego.
  • 13 sierpnia 1991 Krakowskie Seminarium Duchowne gościło w swych murach Ojca Świętego Jana Pawła II – niegdyś alumna tegoż seminarium.
  • 17 listopada 2001 uroczysty obchód 400-lecia Seminarium Duchownego w Krakowie.