Msza Święta to najważniejsza godzina dnia seminaryjnego. Liturgia jest czasem szczególnym. Jak mówił w jednej z katechez papież Benedykt XVI: Liturgia jest aktem, w którym wierzymy, że Bóg wkracza w naszą rzeczywistość i możemy Go spotkać, dotknąć. Jest aktem, w którym wchodzimy w kontakt z Bogiem: przychodzi On do nas, a my jesteśmy przez Niego oświeceni. Jako klerycy przygotowujemy się do tego, by w przyszłości każdego dnia stawać przy Stole Eucharystycznym i celebrować Najświętsze Tajemnice Naszej Wiary. Stąd też nie sposób wyobrazić sobie dnia bez uczestnictwa w Ofierze Mszy Świętej i bez przyjęcia Komunii Świętej, zgodnie ze słowami Chrystusa: Kto spożywa moje Ciało i pije moją Krew, ma życie wieczne, a Ja go wskrzeszę w dniu ostatecznym (J 5, 54).
Liturgia jest nieodzownym aspektem formacji seminaryjnej. Każdy alumn, w zależności od urzędu, podejmuje przede wszystkim codzienną posługę w czasie Mszy Świętych i nabożeństw w naszej seminaryjnej kaplicy. Klerycy drugiego roku podejmują funkcję kantora, klerycy trzeciego roku funkcję lektora, natomiast starsi bracia służą jako akolici. O odpowiedni grafik posługi troszczy się jeden z ceremoniarzy.
W każdą niedzielę roku oraz w uroczystości kościelne klerycy naszego seminarium podejmują posługę w Królewskiej Katedrze na Wawelu. Innym miejscem naszej aktywności jest Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie – Łagiewnikach. Służymy w każdy piątek i niedzielę podczas Mszy Świętych transmitowanych przez Telewizję Polską, a także na pozostałych niedzielnych Mszach Świętych w sanktuarium. Akolici naszego seminarium pomagają również kapłanom w Centrum Jana Pawła II w Krakowie. Innym ważnym krakowskim kościołem jest Bazylika Mariacka, w której alumni drugiego roku pomagają w przygotowaniu i przebiegu liturgii.
W poszczególnych okresach roku liturgicznego akolici modlą się razem z siostrami zakonnymi w niektórych krakowskich klasztorach oraz pomagają w rozdzielaniu Komunii Świętej i modlitwie wypominkowej na Cmentarzu Rakowickim i Cmentarzu na Batowicach.
W ciągu całego roku przy okazji wszelkich uroczystości klerycy podejmują posługę w innych krakowskich kościołach, a klerycy z diecezji bielsko-żywieckiej również w swojej diecezji.